Spørgsmål:
Hvor længe kan E. coli-lagre opbevares ved -20 ° C?
shigeta
2012-02-28 00:23:28 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Jeg melder mig frivilligt til et biohackerlaboratorium - biocurious i Sunnyvale. De har et ret godt sæt udstyr - gelbokse, inkubatorer, men de har ikke en -80 ° C fryser endnu.

Jeg vil gerne oprette nogle glycerolstabbestande af nogle E. coli-stammer, men jeg har fået at vide, at selv ikke-transformerede (dvs. ingen plasmid) bakterier bliver morsomme efter et stykke tid ved -20 ° C. Det ville også være godt at høre, hvor længe du kan holde en plasmidtransformeret stamme ved -20 ° C.

Kan nogen være specifikke om, hvad der sker, og hvor lang tid tager det, når du opbevarer dem ved -20 ° C i lange perioder?

Jeg har læst lidt for kompetente celler, og jeg antager, at de forbliver aktive i cirka 4 dage uden en fryser på -80 ° C.

så jeg får at alle tror, ​​at bakterierne simpelthen vil dø ved -20 ° C. Jeg stillede dette spørgsmål, fordi jeg spekulerede på, om det var apokryf. Alle 'ved', at -80C er den bedste temperatur til glycerolstikkene, men jeg spekulerer på, om det er 100% nødvendigt, især i løbet af 3-4 måneder. Nogle gode forslag dog. Jeg vil prøve det med nogle stikke og også få nogle protease-mangelfulde stammer.
Du kan også begynde at holde transformerede celler (med noget lægemiddelresistensmarkør) ved -20 ° C og plade nogle af dem hver dag og se, hvor hurtigt de mister plasmidet. Du kan gøre det samme med ikke-transformerede kompetente celler.
nogle gode punkter her. Hvis det er okay, skal jeg teste svarene for at se, hvem der har ret, inden jeg vælger et. hvis nogen er i halvøområdet i sf bay-området, er du velkommen til at komme til biocurious og tjekke det ud. ;)
Jeg kan gøre det :) Kan du e-maile mig (gvandova@stanford.edu) med nogle flere detaljer om det?
ser ud som om det er 1 år ved -20 ° C .. http://www.opsdiagnostics.com/notes/ranpri/aguidetobacteriapreservation.htm
Moder natur har dig dækket. -136 ° F (-93,2 ° C). Find dine prøver: i en lille dal mellem to toppe på det østlige Antarktis-plateau. ~ 10. december 2013; ;) Måske ikke hvad du ledte efter, men for dette ene tidspunkt kunne du bare have lagt dine stikke ud på verandaen. Nu er det en kold dag! http://blogs.scientificamerican.com/observations/2013/12/10/found-the-coldest-place-on-earth/
Hej @GerganaVandova - jeg kiggede bare på dette og indså, at jeg aldrig kontaktede dig. Kort efter dette spørgsmål blev mit andet barn født, og jeg kom ikke tilbage til biocurious meget efter det: / Undskyld!
Tre svar:
Gergana Vandova
2012-02-28 02:18:15 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Jeg tror, ​​at celler beskadiges ved -20 ° C, ikke fordi de opbevares i lang tid, men fordi de gennemgår cyklus med optøning og frysning (de iskrystaller, der dannes, skader dem).

Jeg holder aldrig celler ved -20 ° C. Jeg opbevarer dem ved -80 ° C i 50% glycerol. Ideen bag glycerolen er, at den fungerer som kryobeskytter. Det danner hydrogenbindinger med vandmolekylerne og forstyrrer således vand-vand-hydrogenbindingerne. Som et resultat forstyrrer det krystaldannelsen af ​​is, og cellerne fryser ikke. Glycerols frysetemperatur er -37,8 ° C (60-70% glycerol i vand), hvilket betyder, at ved -20 ° C fryser glycerol ikke, og det kan således ikke beskytte cellerne mod skader fra dannelse af iskrystaller.

En god -20 ° C fryser bør ikke skifte mellem fryse-optøning. Dette er et problem med frostfrie frysere, der opvarmes til nær O ° C. Faktisk er glycerol tricket til bevarelse af membranintegritet. For årtier siden opbevarede forskere deres bakteriekulturer ved stuetemperatur, i mørke, i hvad der blev kaldt stikke.
Da jeg sagde en fryse-tø-cyklus, mente jeg, at når du tager den frosne prøve fra fryseren, skal du gøre noget med den (den tøer) og derefter sætte den tilbage i fryseren (den fryser).
Dette er et interessant svar - hvis det kun er iskrystallerne, kan man bruge 40% glycerol, og opløsningen fryser fast, mens den stadig mest er lige så god et kryobeskyttende middel. http://en.wikipedia.org/wiki/Glycerol_(data_page)#Freezing_point_of_aqueous_solutions Jeg har en tendens til at tro, at der måske er nogle mere specifikke svar derude ... Jeg vil prøve en 40% glycerolbeholdning i LB (eller hvad som helst det tager at fryse fast og se, hvordan dette fungerer.
@shigeta Jeg vidste ikke, at proteaser er aktive ved -20 ° C (Leonardo's svar). Men det er skuddet værd (i det mindste på kort sigt), hvis du ikke opbevarer cellerne for længe.
Amy
2012-02-28 07:18:33 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Gergana dækkede "hvorfor" -delen af ​​dit spørgsmål. +1

Hvis alt hvad du har i øjeblikket er -20 ° C og det meste, du vil gemme, er E. coli , der huser plasmider, vil jeg anbefale at fremstille plasmid-DNA og opbevare det ved -20 ° C. DNA vil forblive stabilt på mellemlang sigt, og du kan omdanne dig til E. coli når du har fået din -80 ° C fryser i gang. Og ideelt set vil du have både DNA-lagre og bakterielagre ved hånden - du ved aldrig, hvornår en fryser går ned.

For dine ikke-transformerede stammer kan du lave agarstænger eller plader til opbevaring ved 4 ° C. Jeg striber dem igen hver 1-2 uge, vokser natten over ved 37 ° C og sætter dem derefter tilbage i køleskabet.

user560
2012-02-28 06:39:19 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Svarene, der allerede er sendt om glycerol, der er et kryobeskyttende middel, og iskrystaller er korrekte. Den anden ting at overveje er, at enzymer stadig bevarer en vis aktivitet ved -20 ° C, og selvom reaktionshastigheden er langsommere, vil cellerne nedbrydes, indtil de ikke længere er levedygtige. Jeg opbevarer altid glycerollagre af bakterier ved -80 ° C.

Mange almindelige E. Coli-stammer, der kommercielt anvendes til kloning, er ikke protease-fri, og det er de enzymer, der er ansvarlige for cellulær nedbrydning.

Hvilke enzymer er aktive ved -20 grader?
Proteaser. Redigerede lige mit indlæg.


Denne spørgsmål og svar blev automatisk oversat fra det engelske sprog.Det originale indhold er tilgængeligt på stackexchange, som vi takker for den cc by-sa 3.0-licens, den distribueres under.
Loading...